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Centros de Investigación
 Centro de Calidad Ambiental del ITESM (CCA) - Tiene como objetivo la generación, transmisión y aplicación de conocimiento científico y tecnológico para el análisis, evaluación, prevención y resolución de problemas ambientales a través de proyectos, servicios, docencia y
educación continua.
 Centro de Ciencias de la Atmósfera (CCA) - Entre sus objetivos fundamentales se encuentra: obtener un mejor conocimiento de los fenómenos atmosféricos globales y , en especial, los característicos de los que se registran en el octante terrestre que comprende a México y sus mares adyacentes.
 Centro de Investigación Científica de Yucatán - Institución que tiene por objeto promover, orientar y cooperar al desarrollo científico y tecnológico del país en general y en particular de la península de Yucatán, procurando la vinculación de las investigaciones que se realicen en distintas áreas.
 Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada (CICESE) - Contiene información sobre los servicios y las actividades de la Universidad. Sus áreas de enseñanza son: Ciencias de la Tierra, Física Aplicada y Oceanología. Presenta predicciones del clima y mareas.
 Centro de Investigación en Geografía y Geomática "Ing. Jorge L. Tamayo", A.C. (CENTRO GEO) - Centro público de investigación de excelencia, dedicado a la generación, transmisión y aplicación de conocimiento en Geomática y Geografía.
 Centro de Investigación en Materiales Avanzados (CIMAV) (CONACYT) - Centro público de Investigación integrado al Sistema de Centros Públicos CONACYT, que a través de la realización de actividades de investigación básica orientada y aplicada, desarrollo e innovación tecnológica y formación de recursos humanos en las áreas de Ciencia de Materiales y Medio Ambiente, busca impulsar el desarrollo sustentable del sector productivo e incidir en la mejora de los niveles de bienestar social regional y nacional.
 Centro de Investigación en Química Aplicada (CIQA) - Organismo público descentralizado del Gobierno Federal. Invernadero de proyectos científicos, tecnológicos y educativos, enfocados a contribuir en el progreso de la industria química y de polímeros.
 Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del IPN (CINVESTAV) - Institución pública descentralizada. Imparte 25 maestrías y 23 doctorados en las áreas de Ciencias Exactas y Naturales, Ciencias Biológicas y de la Salud, Ciencias Sociales y Humanidades, Tecnología y Ciencias de la Ingeniería.
 Centro de Investigación y Docencia Económica (CIDE) - Ofrece programas de licenciatura, maestría y un diplomado, todos éstos con un alto nivel de excelencia. A nivel licenciatura ofrece las carreras de Economía, Ciencia Política y Relaciones Internacionales.
 Centro de Investigación y Docencia en Humanidades del estado de Morelos (CIDHEM) - Organismo descentralizado del Ejecutivo Estatal, con plena autonomía jurídica, académica y administrativa. Imparte 18 posgrados, especialmente en el campo de las Humanidades y las Ciencias Sociales.
 Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. (CIBNOR) - Es uno de los 27 centros de investigación del Sistema SEP-CONACyT. Ofrece oportunidades únicas para la investigación científica en temas como: Biodiversidad, Biotecnología, Biología, Acuicultura, y demás.
 Centro de Investigaciones UNES (CIU) - Transmisión y aplicación de conocimiento científico para el análisis, evaluación, prevención y resolución de problemas sociales y del desarrollo comunitario.
 Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social (CIESAS) - Fue creado con el fin de contribuir a la mejor comprensión de los fenómenos sociales y culturales de México a través de la investigación antropológica y de la formación de recursos humanos especializados en antropología y disciplinas afines.
 Centro Interdiciplinario de Investigación y Docencia en Educación Técnica (CIIDET) - Contribuye al desarrollo del Sistema Nacional de Institutos Tecnológicos y a la superación permanente del nivel académico de las instituciones que lo integran.
 Centro Nacional de Investigación y Desarrollo Tecnológico (CENIDET) - Institución pública dependiente de la SEP. Imparte 5 posgrados en programas estructurados en cuatrimestres. Ofrece programas de posgrado para egresados de licenciaturas afines a computación, electrónica y mecatrónica.
 Dirección de Telemática del Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada (CICESE) - Su objetivo: explorar las tecnologías de la información y el dominio de ellas para apoyar la investigación y el desarrollo tecnológico e industrial de México, en las áreas de internet, internet 2, realidad virtual, supercómputo y comercio electrónico.
 El Colegio de la Frontera Norte (COLEF) - Institución de investigación científica y de educación superior, especializada en el estudio de la problemática de la región fronteriza de México con Estados Unidos.
 INAOE - INSTITUTO NACIONAL DE ASTROFISICA OPTICA Y ELECTRONICA
 Instituto de Investigación y Desarrollo Educativo - Instituto de investigación en áreas educativas dependiente de la Universidad Autónoma de Baja California.
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